Η θεραπεία της φλεβικής θρόμβωσης έχει σαν κύριο στόχο την πρόληψη επέκτασης του θρόμβου, προκειμένου να διασφαλιστεί ότι δεν θα αποσπαστεί οδηγώντας σε πνευμονική εμβολή. Κατά δεύτερο λόγο είναι απαραίτητη για να περιορίσει τη βαρύτητα ενός μελλοντικού μετα-θρομβωτικού συνδρόμου.


Ο κλασικός τρόπος αντιμετώπισης της εν τω βάθει φλεβικής θρόμβωσης είναι τα αντιπηκτικά και η ελαστική συμπίεση. Σήμερα, σύγχρονες ελάχιστα επεμβατικές τεχνικές δύναται να εφαρμοστούν (σε συνδυασμό με τα αντιπηκτικά και την ελαστική συμπίεση) σε ασθενείς με σοβαρή συμπτωματολογία (π.χ. έντονο οίδημα κάτω άκρων με συνοδό αίσθημα πόνου). Οι τεχνικές αυτές δύναται να απομακρύνουν άμεσα τον θρόμβο (θρομβόλυση).