Αν και όχι απίθανο, είναι εξαιρετικά σπάνια η πρωτογενής ανάπτυξη θρόμβου στην κυκλοφορία του πνεύμονα. Η πνευμονική εμβολή και η εν τω βάθει φλεβική θρόμβωση συνδέονται απόλυτα. Στην περίπτωση που διαγνωσθεί πνευμονική εμβολή χωρίς παρουσία εν τω βάθει φλεβικής θρόμβωσης, αυτό σημαίνει είτε ότι ο όλος θρόμβος έχει διαφύγει από τα πόδια προς τους πνεύμονες, είτε ότι βρίσκεται σε κάποιο άλλο σημείο του σώματος που δεν δύναται να ανιχνευθεί. Αν και ως επί το πλείστον η εν τω βάθει φλεβική θρόμβωση εμφανίζεται στα κάτω άκρα ή την πύελο, μπορεί να εντοπιστεί και σε άλλα μέρη του σώματος και με τον ίδιο μηχανισμό να προκαλέσει πνευμονική εμβολή